Человечество расселилось по тысячам планет, но столкнулось с угрозой вымирания. Космический пират Харлок ведет борьбу против вселенской тирании и несправедливости, действуя исключительно по велению своего сердца. Когда таинственная инопланетная сила вторгается на Землю, стороннему наблюдателю приходится примкнуть к отряду отступников, готовых защищать планету. Руководствуясь интуицией, капитан отправляется в глубокий космос, чтобы выяснить истинные причины захвата родины прекрасными пришельцами. Его цель — защитить людей и обеспечить им возвращение домой.