В современной Японии мастера скрытности все еще продолжают действовать из тени. Молодой ниндзя под кодовым именем Козодой получает задание — любыми способами защищать старшеклассницу Аой от незримых опасностей своего мира. Для выполнения миссии шиноби приходится внедриться в обычную школу и адаптироваться к жизни среди подростков. Мастеру скрытности предстоит не только выживать в условиях мегаполиса, но и балансировать между повседневными обязанностями ученика и опасным шпионажем. Его главная задача заключается в обеспечении безопасности подопечной, сохраняя при этом свое тайное существование.