Человечество ведет борьбу против загадочных Ангелов — колоссальных инопланетных машин, сочетающих черты живых организмов и механизмов. Юный пилот вынужден подчиниться воле своего отца, командующего секретной организацией NERV. Для отражения мощи захватчиков подросток садится за штурвал биомеханического оружия под названием Евангелион. Задача героя заключается в использовании этого устройства, чтобы противостоять ужасающей силе пришельцев.