В изолированном фэнтезийном мире Генсокё, отделенном от внешнего мира, сосуществуют люди и мистические существа — ёкаи. События развиваются вокруг трио фей, чьи повседневные проделки и взаимодействие с обитателями этого места составляют основу повествования. Произведение представляет собой прямое продолжение истории Touhou Sangetsusei: Strange and Bright Nature Deity. Для понимания контекста требуется знакомство с предыдущей частью, так как здесь отсутствуют новые вводные данные о сюжете. Задача героев заключается в продолжении своих привычных дел в условиях магии и постоянного присутствия легендарных созданий.