Микеланджело продолжает свое опасное путешествие по территории Японии. Одной из главных целей мутанта является поиск пропавшего отца Сплинтера и брата Донателло. Герой вынужден полагаться на искусство ниндзюцу, которому его обучал приемный отец, чтобы справляться с опасностями в пути. Основная задача Майки заключается в успешном воссоединении семьи.