Подземные тоннели ливневой канализации Нью-Йорка стали убежищем для четырех ящеров-мутантов, обученных искусству ниндзя. Герои пытаются привыкнуть к своей новой природе и скрытно жить, избегая внимания человеческого общества. Скрываясь в трущобах города, братья сталкиваются с разнообразными угрозами: от мелких уличных преступников до могущественных владык и инопланетных захватчиков. Необходимость защищать мегаполис вынуждает команду действовать сообща, несмотря на постоянную опасность разоблачения.