Мигель О’Хара, известный как Человек-Паук из 2099 года, оказывается отрезан от своего родного антиутопического будущего конца XXI века. После завершения событий «Совершенного Человека-Паука» герой вынужден столкнуться с реальностью прошлого и искать способ адаптации в незнакомой эпохе. Потеря связи со своим временем и необходимость скрываться делают пребывание в настоящем крайне опасным испытанием. Ему предстоит найти путь домой и разобраться в причинах своего перемещения сквозь время.