Космическая колония ARK служит местом жизни ежа Шэдоу и Марии среди ученых. Спокойное существование подопытного нарушает внезапное нападение сил обороны, решивших устранить опасные биологические эксперименты. Во время столкновения герои пытаются защитить друг друга, но Мария получает смертельное ранение. Эта трагедия раскрывает прошлое персонажа и объясняет события, предшествующие истории Sonic Adventure 2. Задача Шэдоу теперь заключается в том, чтобы справиться с утратой и понять свою природу.