Действие разворачивается в сельском городке Ясоинаба спустя два месяца после завершения прошлых событий. Ю Наруками возвращается в родные края, где вновь воссоединяется с друзьями и семьей. Спокойная жизнь нарушается слухами о загадочной Полночной арене, провоцирующей столкновения героев из Persona 3 и Persona 4. Для участия в турнире персонажи вынуждены использовать Персоны — физические воплощения своей психики — в битвах против Теней. Герою предстоит выяснить природу происходящего и вступить в противостояние.