Элитная частная академия NERV в Токио служит местом обучения для учащихся средних и старших классов. Ученик этого заведения Икари Синдзи ведет размеренный образ жизни под опекой опекуна, пока случайная ночная встреча не переворачивает его представление о реальности. Обнаружив сверстников, сражающихся оружием против человекоподобных существ, Синдзи понимает, что школа хранит множество секретов. После находки странного круглого камня привычный мир парня становится экстраординарным. Герою предстоит выяснить правду о деятельности академии и столкнуться с неведомыми ранее опасностями.