Знакомая вселенная героев комиксов Кевина Истмена и Питера Лэрда сталкивается с беспрецедентными испытаниями. Связь, объединявшая легендарную четверку ниндзя, внезапно рушится, оставляя Рафаэля, Микеланджело, Донателло и Леонардо один на один с переменами. События развиваются в параллельной реальности, которая радикально отклоняется от привычного хода оригинальной истории. Героям предстоит выяснить истинные причины раскола и решить, возможно ли вновь собрать команду воедино. Задача команды заключается в восстановлении утраченного единства перед лицом новой угрозы.