В 0093 году универсальной хронологии вернувшийся Ча Азнабль возглавляет движение Нео Зион. Он планирует обрушить массивную астероидную базу Аксис на Землю, чтобы спровоцировать искусственный ледниковый период и изменить климат планеты. Противостоит ему оперативная группа Лондо Белл во главе с пилотом Амуро Рэем на мобильном доспехе Гандам. Пока идет война гигантских роботов против правительства Земной Федерации, дочь министра Квесс Парайя дезертирует к врагу, усиливая напряжение конфликта. Задача Амуро заключается в том, чтобы предотвратить катастрофу и защитить орбиту Земли.