Космические пространства становятся ареной масштабного конфликта между различными фракциями во вселенной. Профессиональная охотница Самус Аран вынуждена вступить в прямую схватку с флотом космических пиратов. Ее главной целью становится ликвидация опасного и загадочного организма, известного как Метроид. Для выполнения миссии героине необходимо преодолеть сопротивление захватчиков и устранить биологическую угрозу.