Спасательная команда обнаруживает маленького мальчика в заброшенном доме и передаёт его под надзор приюта. Ребёнка зовут Мори, и теперь он вынужден существовать в мире, полном густых аллегорий и странных символов. Герой начинает опасное путешествие, пытаясь разобраться в окружающих его загадках и понять природу собственного восприятия реальности. Главная цель Мори — найти свою маму и раскрыть скрытую за этим поиском тайну.