Мир охвачен силой Хонкая, стремящейся ассимилировать развитые цивилизации через концепцию Воображаемого Древа и Моря Квантов. После событий загадки Стигматы Химеко пребывает в подавленном состоянии из-за осознания собственной беспомощности перед лицом угроз близким людям. Тем временем Киана проходит изнурительные тренировки, изначально подготовленные для Терезы, чтобы обрести необходимую мощь. Положение осложняется масштабным нападением организации Анти-Энтропия на академию Святой Фрейи. Главной целью захватчиков становится похищение третьего Херера — Райден Мэй.