Три года спустя после инцидента в God Eater Burst на одну из территорий обрушивается новая смертельная пандемия, вызванная особым атмосферным явлением. Бойцы спецподразделения организации Fenrir, проживающие на базе в виде передвижного объекта, направляются в зону поражения для оказания помощи. Разрастающаяся катастрофа вынуждает оперативников столкнуться с новыми опасностями в условиях глобальной эпидемии. Основная задача группы состоит в борьбе с последствиями распространения вируса и выполнении миссии по спасению пострадавших регионов.