Однажды в 2122 году, далёкого будущего, человечество колонизировало почти всю галактику. Таким образом технический прогресс сильно развился. В качестве межпланетного сообщения используются Галактические Железные Дороги, по которым ездят космические поезда — Галактические Экспрессы. Для не желающих состариться и умирать были придуманы механические тела — мехари, — с помощью которых можно было жить вечно. Но эти тела очень дорогие и их могут позволить себе только богачи, так как классового равенства человечеству достичь так и не удалось. В одном из крупных промышленных городов Мегаполисе среди бедных слоёв населения ходят слухи о Галактическом Экспрессе 999, который раз в год ездит по рейсу Земля-Андромеда на планету, где можно бесплатно получить мехатело. Но билеты на этот экспресс очень дорогие. И, более того, известно, что очень много людей в своё время сели на этот поезд, но совсем ничего неизвестно о том, вернулись ли они на нём обратно. Однажды мальчик по имени Хосино Тэцуо захотел жить вечно. Он обещает умирающей матери не смотря ни на что добыть себе мехатело и жить вечно и радостно. Для этого ему нужно раздобыть билет на Галактический Экспресс 999 - легендарный космический поезд, раз в год отправляющийся с Земли на Андромеду, где, как говорят, можно бесплатно механизироваться. Встретив загадочную и прекрасную девушку по имени Мэйтл, он отправляется на станцию Андромеда. С каждым разом с Тэцуо происходят различные приключения и встречи с различными существами, заставляя задуматься о жизненных ценностях. Так начинается его бесконечное путешествие через звёзды и планеты. И никто не знает, что ждёт его дальше, ибо впереди - только разливающийся в вечность океан сияющих звёзд...От знаменитого сериала-экранизации манга отличается довольно сильно: присутствуют незнакомые зрителю сцены, а порой и целые истории. Также характеры персонажей порой отличаются и общий настрой более мрачный.