В индустриальном государстве Аместрис алхимия признана общепринятой точной наукой. Братья-алхимики Эдвард и Альфонс Элрики в детстве пытались провести запретный ритуал воскрешения своей матери Триши, что обернулось трагедией. Вместо возвращения близкого человека братья нарушили фундаментальный закон природы и заплатили за это собственными физическими телами. Потеряв плоть, они вынуждены отправиться в опасное путешествие по поиску легендарного философского камня. Героям необходимо добраться до Шамбалы, чтобы обрести способ вернуть утраченную человеческую сущность.