Мировая катастрофа была предотвращена благодаря совместным усилиям организации NERV и боевых машин Евангелионов. Зловещие планы секретной группировки SEELE потерпели полный крах, позволив восстановить привычный облик Земли. Вместо привычного апокалипсиса мир погружается в эпоху восстановления, где прежние участники событий получают шанс на нормальную жизнь. Героям предстоит заново осознать свое место в изменившейся реальности и найти собственный путь к счастью.