Космическое путешествие группы искателей приключений начинается в бескрайнем открытом космосе. Шики возглавляет команду, выступающую экипажем легендарного корабля Edens Zero. В процессе странствий герои сталкиваются с предательством, из-за которого привычные люди внезапно становятся для них врагами. После вынужденного бегства и трехлетней паузы в развитии событий команда продолжает свой путь. Задача Шики заключается в том, чтобы преодолеть потери прошлых товарищей и найти союзников среди новых встречных.