Мир ниндзя продолжает существовать спустя годы после того, как прежний главный герой достиг вершины и занял пост лидера деревни. Новым героем этого поколения становится его сын Боруто, который предпочитает видеоигры изнурительным тренировкам. Мальчик жаждет победить собственного отца, однако его жизнь круто меняется с появлением загадочной метки Кармы. Теперь юному шиноби предстоит столкнуться с тяжелой судьбой и принять одиночное решение в мире, где привычный порядок вещей начинает рушиться.