Токио конца двадцатого века становится ареной противостояния небесных сил и обитателей подземного мира. Сэцуна Мудо, чья душа является реинкарнацией ангела Алексиэля, ведет борьбу против властей и конфликтующих сторон ради спасения своей младшей сестры Сары. Девушка выступает реинкарнацией ангела Гавриэля, и чувства Сэцуны к ней носят запретный инцестуозный характер. Вмешательство двух демонов и угроза со стороны безумного ангела, распространяющего компьютерную игру Angel Sanctuary, обостряют ситуацию. Герою предстоит преодолеть внутренний хаос и внешние заговоры, чтобы защитить душу сестры.