Альтернативная версия Японии эпохи Эдо находится под властью инопланетян Аманто, прибывших на черных кораблях. Местный Сёгунат не смог противостоять захватчикам, и теперь страна живет в условиях иностранной оккупации. Эксцентричный самурай Саката Гинтоки с мертвыми рыбьими глазами возглавляет команду мастеров на все руки Ёрозуи, занимаясь самыми разными поручениями. Раньше Гинтоки был высококвалифицированным воином и лидером освободительного движения Дзёи, сражавшегося на войне против захватчиков. Сейчас бывший революционер вынужден адаптироваться к новым реалиям, используя свое мастерство меча и навыки повседневного выживания.